Surveillance of SARS-CoV-2 variant in 10th Public health region during June 2021 - December 2022
Keywords:
SARS-CoV-2, Virus surveillance, Variant, Variants of concern, the 10th Public Health RegionAbstract
Since the first reported COVID-2019 case in Thailand, severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infections have become a significant public health problem and a severity threat, especially due to the emergence of new SARS-CoV-2 variants. A retrospective study aims to surveillance for SARS-CoV-2 variants in the 10th Public Health Region, comprising Ubon Ratchathani, Srisaket, Yasothon, Amnatcharern, and Mukdahan. One thousand and one hundred fifteen detected SARS-CoV-2 samples from throat or nasopharyngeal swabs during June 2021 to December 2022 were investigated for SARS-CoV-2 variant by Single Nucleotide Polymorphism (SPN) genotyping assay. The amplification of specific products was performed in the Quant StudioTM 5 Real-Time PCR. Descriptive statistical analyses were performed using frequency and percentage. Since June 2021, the results showed that Alpha and Delta were 60.98% and 39.02%, respectively. In November 2021, Delta was founded to increase 100%. Omicron was first detected in December 2021, accounting for 43.64% of overall prevalence. However, Omicron's prevalence has increased and become a predominant variant since January 2022. In addition, Omicron subvariants: BA.1, BA.2, BA.4/BA.5 and BA.2.75 also appeared. Our results were showed SARS-CoV-2 variants of concern include Alpha, Delta and Omicron. The results in this study were consistent with sequencing surveillance database of Thailand. In addition, this information can be implemented to establish a monitory outbreak system used in the 10th Public Health Region.
References
Chantutanon S, Sangsawang Ch. Epidemiology of SARS-CoV-2 Beta Variant (B.1.351) and Risk Factors for Severe Illness in the Southernmost Provinces of Thailand, April- September 2021. Bulletin of the Department of Medical Science 2022; 64(2):81-92.
Hua J, Shaw R. Corona Virus (COVID-19) “Infodemic” and Emerging Issues through a Data Lens: The Case of China. International Journal of Environmental Research and Public Health 2020; 17(7):2309.
Wang MY, Zhao R, Gao LJ, Gao XF, Wang DP, Cao JM. SARS-CoV-2: structure, biology, and structure-based therapeutics development. Front Cell Infect Microbiol 2020; 10:587269. doi:10.3389/fcimb.2020.587269
Tu YF, Chien CS, Yarmishyn AA, Lin YY, Luo YH, Lin YT, et al. A review of SARS-CoV-2 and the ongoing clinical trials. Int J Mol Sci 2020; 21(7):2657-70. doi:10.3390/ijms21072657
มาลินี จิตตกานต์พิชย์. ปฐมบท COVID-19. วารสารกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ 2563; 62(1):1-5.
Yin C. Genotyping coronavirus SARS-CoV-2: methods and implications. Genomics 2020 Sep; 112(5):3588-96. doi:10.1016/j.ygeno.2020.04.016
Choi JY, Smith DM. SARS-CoV-2 Variants of Concern. Yonsei Med J 2021 Nov; 62(11):961-8. doi:10.3349/ymj.2021.62.11.961
Aleem A, Akbar Samad AB, Vaqar S. Emerging Variants of SARS-CoV-2 and Novel Therapeutics Against Coronavirus (COVID-19). StatPearls [Internet]. 2023. [cited 2023 Oct 18]. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK570580
Ahmad A, Fawaz MAM, Aisha A. A comparative overview of SARS-CoV-2 and its variants of concern. Infez Med 2022; 30(3):328-43. doi:10.53854/liim-3003-2
Angel YT, Jodi WL, Priyia P, Vengadesh L, Chan K, Lee L. Emerging SARS-CoV-2 Variants of Concern (VOCs): An Impending Global Crisis. Biomedicines 2021; 9:1303-28.
Chiara M, D’Erchia A, Gissi C, Manzari C, Parisi A, Resta N, et al. Next generation sequencing of SARS-CoV-2 genomes: challenges, applications and opportunities. Briefings in Bioinformatics 2021; 22(2):616–30.
Harper H, Burridge A, Winfield M, Finn A, Davidson A, Matthews D, et al. Detecting SARS-CoV-2 variants with SNP genotyping. PloS one 2021; 16(2):e0243185.
Henriques-Santos BM, Farjun B, Corrêa IA, Figueiredo JB, Fidalgo-Neto AA, Kuriyama SN. SARS-CoV-2 Variant Determination Through SNP Assays in Samples From Industry Workers From Rio de Janeiro, Brazil. Front Microbiol 2022; 12:757783. doi:10.3389/fmicb.2021.757783
Sit BHM, Po KHL, Cheung YY, Tsang AKL, Leung PKL, Zheng J, et al. Detection of SARS-CoV-2 VOC-Omicron using commercial sample-to-answer real-time RT-PCR platforms and melting curve-based SNP assays. J Clin Virol Plus 2022; 2(3):100091. doi:10.1016/j.jcvp.2022.100091
กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์. ข้อมูลการเฝ้าระวังสายพันธุ์ของเชื้อ SAR-CoV-2 ที่พบในประเทศไทย (SARS-CoV-2 variants in Thailand) โดยกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ [อินเตอร์เน็ต]. [เข้าถึงเมื่อ 18 ต.ค. 2566]. เข้าถึงได้จาก: https://www.data.go.th/dataset/sars-cov-2-variants
พิไลลักษณ์ อัคคไพบูลย์โอกาดะ, สิริภาภรณ์ ผุยกัน, สิทธิพร ปานเม่น, ธนัสภา ธนเดชากุล, สิริชล กาละ, วันดี มีฉลาด และคณะ. การศึกษาจีโนมของเชื้อ SARS-CoV-2 ที่พบ ณ สนามมวยและสถานบันเทิงในเขตกรุงเทพมหานครของประเทศไทย. วารสารกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ 2020; 62(3):133-42.
รพีพรรณ รัตนวงศ์นรา มอร์ด. มาทำความรู้จักโควิดกลายพันธุ์ โดยเฉพาะสายพันธุ์เดลต้า ตัวที่แกร่งที่สุดและแพร่เชื้อได้ไว้ที่สุดในตอนนี้ [อินเตอร์เน็ต]. 25 สิงหาคม 2021. [เข้าถึงเมื่อ 18 ต.ค. 2566]. เข้าถึงได้จาก: https://www.rama.mahidol.ac.th/ramachannel/article
Dhawan M, Saied AA, Mitra S, Alhumaydhi FA, Emran TB, Wilairatana P. Omicron variant (B.1.1.529) and its sublineages: What do we know so far amid the emergence of recombinant variants of SARS-CoV-2. Biomed Pharmacother 2022; 154:113522. doi:10.1016/j.biopha.2022.113522
Dhawan M, Priyanka, Choudhary OP. Omicron SARS-CoV-2 variant: Reasons of emergence and lessons learnt. Int J Surg 2022; 97:106198. doi:10.1016/j.ijsu.2021.106198
บวรศม ลีระพันธ์, ระพีพงศ์ สุพรรณไชยมาตย์, พาส์น ฑีฆทรัพย์, แพรวนภา พันธุ์สวาสดิ์, วรารัตน์ ใจชื่น, วรสิทธิ์ ศรศรีวิชัย และคณะ. รายงานวิจัย เรื่องการพัฒนาแบบจำลองบูรณาการระบบการแก้ไขปัญหาโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 เพื่อสนับสนุนกระบวนการตัดสินใจเชิงนโยบาย. สถาบันวิจัยระบบสาธารณสุข; 2563.
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2024 The Office of Disease Prevention and Control 10th
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
บทความที่ได้รับการตีพิมพ์เป็นลิขสิทธิ์ของ สำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 10 จังหวัดอุบลราชธานี
ข้อความที่ปรากฏในบทความแต่ละเรื่องในวารสารวิชาการเล่มนี้เป็นความคิดเห็นส่วนตัวของผู้เขียนแต่ละท่านไม่เกี่ยวข้องกับสำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 10 จังหวัดอุบลราชธานีและบุคลากรท่านอื่นๆในสำนักงานฯ แต่อย่างใด ความรับผิดชอบองค์ประกอบทั้งหมดของบทความแต่ละเรื่องเป็นของผู้เขียนแต่ละท่าน หากมีความผิดพลาดใดๆ ผู้เขียนแต่ละท่านจะรับผิดชอบบทความของตนเองแต่ผู้เดียว
