การทดสอบสภาวะที่เหมาะสมและการประเมินประสิทธิภาพชุดน้ำยา In-house real time PCR ในการตรวจหาเชื้อ Neisseria gonorrhoeae ณ ศูนย์การแพทย์บางรักด้านโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์
DOI:
https://doi.org/10.14456/taj.2022.7คำสำคัญ:
เชื้อหนองใน, อิน เฮ้าส์ เรียลไทม์ พีซีอาร์, วิธีเพาะเชื้อบทคัดย่อ
Neisseria gonorrhoeae เป็นหนึ่งในเชื้อก่อโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์ที่พบมากที่สุด การตรวจทางห้องปฏิบัติการที่รวดเร็วและมีประสิทธิภาพเป็นสิ่งสำคัญในการตรวจวินิจฉัย วิธีเพาะเชื้อยังคงเป็นวิธีมาตรฐานในการตรวจหาเชื้อ N. gonorrhoeae ขณะที่ในปัจจุบันวิธีการเพิ่มปริมาณสารพันธุกรรมเป็นวิธีที่มีความสำคัญมากขึ้น การศึกษาวิจัยนี้จึงมีวัตถุประสงค์เพื่อทดสอบสภาวะที่เหมาะสมและประเมินประสิทธิภาพร่วมกับการประเมินต้นทุนของชุดนํ้ายา in-house real time PCR ที่พัฒนาขึ้นเปรียบเทียบกับวิธีเพาะเชื้อ
ตัวอย่างทดสอบในการศึกษานี้ ได้แก่ ตัวอย่างจากท่อปัสสาวะ ตัวอย่างจากปากมดลูก ตัวอย่างจากทวารหนัก และตัวอย่างจากช่องคอ จากผู้มารับบริการ ณ ศูนย์การแพทย์บางรักด้านโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์ ตัวอย่างทดสอบ 60 ตัวอย่างถูกนำมาใช้สำหรับการทดสอบสภาวะที่เหมาะสมของชุดนํ้ายา in-house real time PCR ขณะที่ 240 ตัวอย่างถูกนำมาใช้สำหรับการศึกษาเพื่อประเมินประสิทธิภาพของนํ้ายา ตัวอย่างทั้งหมด 300 ตัวอย่าง ถูกทดสอบด้วยนํ้ายา in-house real time PCR ที่พัฒนาขึ้นโดยมีการพัฒนาไพรเมอร์และโพรบซึ่งจำเพาะต่อยีน PorA สำหรับเชื้อ N. gonorrhoeae และจำเพาะต่อยีน human-beta globin สำหรับตัวควบคุมภายใน จากนั้นวิเคราะห์ค่าความไว ความจำเพาะ ค่าทำนายผลบวก และค่าทำนายผลลบเปรียบเทียบกับวิธีเพาะเชื้อ
การศึกษานี้ใช้นํ้ายาสำเร็จรูป AnyplexTM CT/NG Real-time Detection ในกรณีที่ผลการทดสอบระหว่างสองวิธี ให้ผลไม่สอดคล้องกัน ผลการทดสอบพบว่า สภาวะความเข้มข้นปฏิกิริยาที่เหมาะสมสำหรับตรวจหาเชื้อ N.gonorrhoeae คือ ความเข้มข้น 200 nM และความเข้มข้น 200 nM สำหรับตัวควบคุมภายในเช่นเดียวกัน นํ้ายา in-house real time PCR ที่พัฒนาขึ้นสามารถตรวจหาเชื้อ N. gonorrhoeae และตัวควบคุมภายในได้ภายในหลอดปฏิกิริยาเดียวกัน ให้ค่าการประเมินประสิทธิภาพทุกค่าการทดสอบคิดเป็นร้อยละ 100 ในตัวอย่างส่งตรวจจากอวัยวะสืบพันธุ์ ขณะที่มีค่าความไว ความจำเพาะ ค่าทำนายผลบวก และค่าทำนายผลลบคิดเป็น 100, 86.67, 88.24, 100 ตามลำดับ สำหรับตัวอย่างจากทวารหนัก และร้อยละ 100, 96.67, 96.77, 100 ตามลำดับ สำหรับตัวอย่างจากช่องคอ การศึกษานี้พบผลที่ไม่สอดคล้องกันในตัวอย่างทดสอบ 5 ราย โดยเป็นตัวอย่างจากช่องทางอื่นนอกเหนือจากอวัยวะสืบพันธุ์ทั้งหมดซึ่งให้ผลไม่พบเชื้อ N. gonorrhoeae ด้วยวิธีเพาะเชื้อแต่พบเชื้อในการตรวจด้วยนํ้ายา in-house real time PCR และน้ำยาสำเร็จรูปที่ใช้หลักการเพิ่มปริมาณสารพันธุกรรม น้ำยา in-house real time PCR ที่พัฒนาขึ้น มีต้นทุน 165 บาทต่อการทดสอบ ขณะที่วิธีเพาะเชื้อมีต้นทุน 76 บาทต่อการทดสอบ และแม้ว่านํ้ายา in-house real time PCR ที่พัฒนาขึ้นจะมีราคาสูงกว่าวิธีเพาะเชื้อ แต่ในแง่ของการตรวจวินิจฉัยนํ้ายาที่พัฒนาขึ้นนี้มีความคุ้มทุนที่มากกว่าด้วยความไวและความจำเพาะในการตรวจพบเชื้อโดยเฉพาะในตัวอย่างช่องทางอื่นนอกเหนือจากอวัยวะสืบพันธุ์
ข้อมูลจากการศึกษานี้แสดงให้เห็นว่าการตรวจหาเชื้อ N. gonorrhoeae ด้วยชุดนํ้ายา in-house real time PCR ที่พัฒนาขึ้นเป็นวิธีที่รวดเร็ว มีความไวและความจำเพาะในตัวอย่างทดสอบที่หลากหลายด้วยผลการทดสอบที่มีความถูกต้อง สอดคล้องกับวิธีมาตรฐาน ดังนั้นชุดนํ้ายา in-house real time PCR ที่พัฒนาขึ้นสำหรับตรวจหาเชื้อ N.gonorrhoeae สามารถนำมาใช้ในการตรวจวินิจฉัยในงานประจำวันได้
Downloads
References
HIV info hub. Division of AIDS and STIs [Internet]. [cited 2021 Oct 12]. Available from: https://hivhub.ddc.moph.go.th/epidemic.php (in Thai)
Wilawan Thipmontree, Chenchit Chayachinda, Rossaphorn Kittiyoawamarn. STI surveillance and prevention: gonorrhea. Siriraj Med Bull. 2020; 13(3): 196-204. (in Thai)
Stephanie N. Taylor, Oliver Liesenfeld, Rebecca A. Lillis, Barbara A. Body, Melinda Nye, James Williams, et al. Evaluation of the Roche cobas® CT/NG test for detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae in male urine. Sex Transm Dis. 2012; 39(7): 543-9. doi: 10.1097/OLQ.0b013e31824e26ff
Boyadzhyan B, Yashina T, Yatabe JH, Patnaik M, Hill CS. Comparison of the APTIMA CT and GC assays with the APTIMA combo 2 assay, the Abbott LCx assay, and direct fluorescentantibody and culture assays for detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae. J Clin Microbiol. 2004; 42(7): 3089-93. doi: 10.1128/JCM.42.7.3089-3093.2004
C. A. Gaydos, T. C. Quinn, D. Willis, A. Weissfeld, E. W. Hook, D. H. Martin, et al. Performance of the APTIMA combo 2 assay for detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae in female urine and endocervical swab specimens. J Clin Microbiol. 2003; 41(1): 304-9. doi: 10.1128/JCM.41.1.304-309. 2003
Mark J Hopkins, Lynne J Ashton, Fath Alloba, Anura Alawattegama, Ian J Hart. Validation of a laboratory-developed real-time PCR protocol for detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae in urine. Sex Transm Infect. 2010; 86(3): 207-11. doi: 10.1136/sti.2009.040634
Johanna M E Venter, Precious M Mahlangu, Etienne E Müller, David A Lewis, Kevin Rebe, Helen Struthers, et al. Comparison of an in-house real-time duplex PCR assay with commercial HOLOGIC® APTIMA assays for the detection of Neisseria gonorrhoeae and Chlamydia trachomatis in urine and extra-genital specimens. BMC Infect Dis. 2019, 19: 1-7. doi: 10.1186/s12879-018-3629-0
Arifin WN. Sample size calculator [Internet]. Wan Nor Arifin c2017-2021 [cited 2021 October 1]. Available from: https://wnarifin.github.io/ssc/sssnsp.html
National AIDS Management Center Bureau of AIDS, TB and STIs. 2017 Thailand Progress Report Prevention and Control of AIDS. Nonthaburi: National AIDS Management Center, Department of Disease Control, Ministry of Public Health. 2017. (in Thai)
Busara Bamrungsak, Siwimol Phoomniyom, Rungnapa Luengprasit. Development and validation of an in-house real-time PCR assay for the detection of Chlamydia trachomatis in sexually transmitted infections clinic. Thai AIDS Journal. 2020; 32(1): 28-41. (in Thai)
Siwimol Phoomniyom, Busara Bamrungsak, Kornsiri Boonprathueng, Pongsathorn Sangprasert, Rungnapa Luengprasit, Nattapon Ngarmjiratam, et al. Efficiency evaluation of an in-house real-time PCR assay for the detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae in urine specimens. Thai AIDS Journal. 2020; 33(1): 9-20. (in Thai)
Kehl SC, Georgakas K, Swain GR, Sedmak G, Gradus S, Singh A, et al. Evaluation of the Abbott LCx Assay for Detection of Neisseria gonorrhoeae in Endocervical Swab Specimens from Females. J. CLIN. MICROBIOL. 1998; 36(12): 3549-51.
Ewa Skulska, Beata Młynarczyk-Bonikowska, Szymon Walter de Walthoffen, Grażyna Młynarczyk, Magdalena Malejczyk, Sławomir Majewski. The Comparison of Real-Time PCR and bacterial culture in laboratory diagnostics of gonorrhoea in patients of Department of Dermatology and Venereology Medical University of Warsaw. MED. DOŚW. MIKROBIOL. 2015; 67(1): 29-38. (in Polish)
David M Whiley, John W Tapsall, Theo P Sloots. Nucleic Acid Amplification Testing for Neisseria gonorrhoeae an Ongoing Challenge. J Mol Diagn. 2006; 8(1): 3-15. doi: 10.2353/jmoldx.2006.050045
John R. Papp, Julius Schachter, Charlotte A. Gaydos, Barbara Van Der Pol. Recommendations for the Laboratory-Based Detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae -2014. MMWR Recomm Rep. 2014; 63(2): 1-19.
