การประเมินประสิทธิภาพของวิธี In-house real time PCR ในการตรวจหาเชื้อ Chlamydia trachomatis และ Neisseria gonorrhoeae จากตัวอย่างปัสสาวะ
DOI:
https://doi.org/10.14456/taj.2021.2คำสำคัญ:
เชื้อคลามัยเดีย ทราโคมาติส, เชื้อไนซีเรีย โกโนเรียอี, วิธีเรียลไทม์พีซีอาร์ที่พัฒนาขึ้นบทคัดย่อ
กลุ่มบางรักโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์ให้บริการตรวจหาเชื้อ C. trachomatis และ N. gonorrhoeae ด้วยวิธี in-house real time PCR ที่พัฒนาขึ้นเองเพื่อใช้ในงานประจำวัน ตัวอย่างส่งตรวจที่ใช้มีหลากหลายชนิด ได้แก่ ตัวอย่างจากท่อปัสสาวะ ตัวอย่างจากปากมดลูก ตัวอย่างจากทวารหนัก ตัวอย่างจากช่องคอ ซึ่งปัจจุบันตัวอย่างปัสสาวะเป็นอีกตัวอย่างหนึ่งสำหรับการทดสอบ เนื่องจากง่ายต่อการเก็บและสามารถเก็บได้ด้วยตนเอง และไม่ทำให้เจ็บปวด การศึกษาวิจัยนี้จึงมีวัตถุประสงค์เพื่อประเมินประสิทธิภาพของวิธี in-house real time PCR ที่พัฒนาขึ้นในการตรวจหาเชื้อทั้งสองชนิดนี้เปรียบเทียบกับชุดน้ำยาสำเร็จรูป APTIMA Combo 2 Assay for CT/NG ในตัวอย่างปัสสาวะจำนวน 100 ตัวอย่าง ร่วมกับการศึกษาเพื่อเปรียบเทียบประสิทธิภาพของวิธีที่พัฒนาขึ้นเอง ชุดน้ำยา APTIMA และวิธีย้อมสีแกรมในการตรวจหาเชื้อ N. gonorrhoeae โดยทำการประเมินความไว ความจำเพาะ ค่าทำนายผลบวก ค่าทำนายผลลบ และค่าความถูกต้อง รวมทั้งการเปรียบเทียบความคุ้มทุนของชุดน้ำยาและวัสดุ
วิทยาศาสตร์ที่ใช้ตรวจหาเชื้อ C. trachomatis และ N. gonorrhoeae ด้วยหลักการเพิ่มปริมาณสารพันธุกรรมของเชื้อ
ผลการศึกษาพบว่า วิธีที่พัฒนาขึ้นให้ผลการทดสอบทุกค่าการประเมินคิดเป็นร้อยละ 100 เปรียบเทียบกับชุดน้ำยา APTIMA ผลการตรวจหาเชื้อ N. gonorrhoeae เปรียบเทียบกับวิธีเพาะเชื้อพบว่า วิธีที่พัฒนาขึ้น และชุดน้ำยา APTIMA ให้ผลการทดสอบทุกค่าการประเมินคิดเป็นร้อยละ 100 เช่นเดียวกัน ขณะที่วิธีย้อมสีแกรม มีค่าความไว ความจำเพาะ ค่าทำนายผลบวก ค่าทำนายผลลบและค่าความถูกต้อง ร้อยละ 80, 100, 100, 96 และ 96.55 ตามลำดับ นอกจากนี้วิธีที่พัฒนาขึ้นมีความคุ้มทุนคิดเป็น 252 บาทต่อการทดสอบขณะที่ชุดน้ำยาสำเร็จรูปคิดเป็น 718 บาทต่อการทดสอบ
การศึกษาครั้งนี้แสดงให้เห็นว่าวิธีที่พัฒนาขึ้นเองมีประสิทธิภาพเทียบเท่ากับวิธีอ้างอิงและวิธีมาตรฐานในทุกตัวอย่างที่ทำการทดสอบด้วยความคุ้มทุนมากกว่าน้ำยาสำเร็จรูปในราคาความคุ้มทุนที่มากกว่า 2.8 เท่า ดังนั้น วิธีที่ใช้ในงานบริการประจำวันสำหรับตรวจหาเชื้อ C. trachomatis และ N. gonorrhoeae จากตัวอย่างปัสสาวะมีประสิทธิภาพและมีความน่าเชื่อถือ ประหยัดงบประมาณการจัดซื้อน้ำยาตรวจวิเคราะห์และลดค่าใช้จ่ายในการให้บริการ ส่งผลให้ผู้ป่วยสามารถเข้าถึงการบริการได้มากยิ่งขึ้น นำไปสู่การได้รับการรักษาและลดการแพร่กระจายเชื้อไปยังผู้อื่น
Downloads
References
World Health Organisation: Global strategy for the prevention and control of Sexually transmitted infections: 2006-2015: breaking the chain of transmission [Internet]. [Cited 2020 Sep 10]. Available from http://apps.who.int/iris/bit-stream/handle/10665/43853/9789241 563475_eng/Pdf;jessionid=B5D9ED847DD 81C1795D6 7FFECE7D98AF?sequence=1.
HIV info hub. Division of AIDS and STIs [Internet]. [Cited 2020 Sep 10]. Available from https:// hivhub.ddc.moph.go.th/epidemic.php
Taylor SN, Liesenfeld O, Lillis RA, Body BA, Nye M, Williams J, et al. Evaluation of the Roche cobas(R) CT/NG test for detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae in male urine. Sex Transm Dis. 2012; 39:543-9.
Boyadzhyan B, Yashina T, Yatabe JH, Patnaik M, Hill CS. Comparison of the APTIMA CT and GC assays with the APTIMA combo 2 assay, the Abbott LCx assay, and direct fluorescent-antibody and culture assays for detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae. J Clin Microbiol. 2004; 42:3089-93.
Gaydos CA, Quinn TC, Willis D, Weissfeld A, Hook EW 3rd, Martin DH, et al. Performance of the APTIMA combo 2 assay for detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae in female urine and endocervical swab speci¬mens. J Clin Microbiol. 2003; 41:304-9.
Orellana MA, Gómez-Lus ML, Lora D. Sensitivity of Gram stain in the diagnosis of urethritis in men. Sexually Transmitted Infections. 2012; 88(4):284-7.
Lai-King Ng, Irene E Martin. The laboratory diagnosis of Neisseria gonorrhoeae. Can J Infect Dis Med Microbiol. 2005; 16(1):15-25.
Fairley CK, Chen MY, Bradshaw CS, Tabrizi SN. Is it time to move to nucleic acid amplification tests screening for pharyngeal and rectal gonor¬rhoea in men who have sex with men to improve gonorrhoea control? Sex Health. 2011;8:9-11.
Alexander S. The challenges of detecting gonor¬rhoea and chlamydia in rectal and pharyngeal sites: could we, should we, be doing more? Sex Transm Infect. 2009; 85:159-160.
Schachter J, Moncada J, Liska S, Shayevich C, Klausner JD. Nucleic acid amplification tests in the diagnosis of chlamydial and gonococcal infections of the oropharynx and rectum in men who have sex with men. Sex Transm Dis. 2008; 35:637-642.
Robinet S, Parisot F. Performance assessment of the Allplex™ STI Essential real-time PCR assay for the diagnosis of Neisseria gonorrhoeae and Chlamydia trachomatis infections in genital and extra-genital sites. J Lab Med. 2019; 43(4): 191-200.
Papp JR, Schachter J, Gaydos CA, Van Der Pol B. Recommendations for laboratory-based detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae-2014. MMWR Morb Mortal Wkly Recom & Rep. 2014; 63:1-19.
APTIMA Urine Specimen Collection Kit for Male and Female Urine Specimens [Internet]. [Cited 2020 Sep 10]. Available from https:// www.hologic.com/sites/default/files/package-insert/502260-IFU-PI_002_01.pdf
Aptima Combo 2® Assay [Internet]. [Cited 2020 Nov 19]. Available from https://www.hologic. com/sites/default/files/package-in¬sert/502487-IFU-PI_001_01.pdf
Hopkins MJ, Ashton J, Alloba F, et al. Valida¬tion of a laboratory-developed real-time PCR protocol for detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae in urine. Sex Transm Infect. 2010; 86:207-11.
Lawn R M, Efstratiadis A, O’Connell C, Ma¬niatis T. The nucleotide sequence of the human beta-globin gene. Cell. 1980; 21(3):647-51.
Venter J M. E., Mahlangu PM, Müller EE, Lewis DA, Rebe K, Struthers H, et al. Compar¬ison of an in-house real-time duplex PCR assay with commercial HOLOGIC® APTIMA assays for the detection of Neisseria gonorrhoeae and Chlamydia trachomatis in urine and extra-genital specimens. BMC Infectious Diseases. 2019; 19(6).
Meyer T, Buder S. The Laboratory Diagnosis of Neisseria gonorrhoeae: Current Testing and Fu¬ture Demands. Pathogens. 2020; 9(2):91.
