First Identification of Novel Distinct Sequence Identifiers in Measles Virus Genotype D8 During the 2024 Outbreak in Southern Thailand
Novel Distinct Sequence Identifiers in Measles Virus Genotype D8 in Thailand
Keywords:
Measles, Measles genotype, Measles in the Southern of ThailandAbstract
In this study, genetic analysis of the measles virus genotypes was based on nucleotide sequences of the nucleoprotein (N) gene and phylogenetic analysis in 428 samples from measles outbreaks in Songkhla, Yala, Pattani, and Narathiwat provinces, Thailand, in 2024. When compared with the World Health Organization (WHO) reference nucleotide sequences of 24 measles virus genotypes, the identified sequences belonged to genotype D8. However, these sequences were classified into 20 Distinct Sequence Identifiers (DSIds), indicating variations in the nucleotide sequences within the D8 genotype. The 20 DSIds identified in this study were DSId8581, 8717, 8775, 8813, 8830, 8851, 8913, 8914, 8971, 9106, 9107, 9108, 9134, 9143, 9144, 9165, 9167, 9202, 9203, and 9204. All of these DSIds were detected for the first time in Thailand. Notably, 19 DSIds were newly reported in the WHO Measles Surveillance Nucleotide Database (MeaNS2), except for DSId8581, which had been previously reported in Malaysia. However, this study was unable to determine the origin of the virus due to insufficient epidemiological data.
References
World Health Organization. Measles virus nomenclature update: 2012. Wkly Epidemiol Rec. [online]. 2012; [cited 2025 Jan 27]; 87(9): [8 screens]. Available from: URL: https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/241889/WER8709_73-80.PDF?ua=1.
กองระบาดวิทยา กรมควบคุมโรค. แนวทางการเฝ้าระวังและสอบสวนโรคหัด และแนวทางการเฝ้าระวังโรคหัด หัดเยอรมันในหญิงตั้งครรภ์ ฉบับวันที่ 9 กันยายน 2567. [ออนไลน์]. 2567; [สืบค้น 26 ม.ค. 2568]; [84 หน้า]. เข้าถึงได้ที่: URL: https://ddc.moph.go.th/uploads/publish/1643220241125074353.pdf.
กรมควบคุมโรค กระทรวงสาธารณสุข. กําหนดการให้วัคซีนตามแผนงานสร้างเสริมภูมิคุ้มกันโรคของกระทรวงสาธารณสุข ปี 2567. [ออนไลน์]. 2568 [สืบค้น 27 ม.ค. 2568]; [1 หน้า]. เข้าถึงได้ที่: URL: https://ddc.moph.go.th/uploads/publish/1510320231225092421.pdf.
World Health Organization. Immunization data. [online]. 2025; [cited 2025 Jan 27]; [182 screens]. Available from: URL: https://immunizationdata.who.int/global?topic=Provisionalmeasles-and-rubella-data&location=.
World Health Organization. Strategic plan for measles and rubella elimination and sustenance in the WHO South-East Asia Region: 2024-2028. [online]. 2024; [cited 2025 Jan 28]; [64 screens]. Available from: URL: https://iris.who.int/bitstream/handle/10665/379066/9789290229476-eng.pdf?sequence=1.
World Health Organization. WHO South-East Asia Region sets new target for measles and rubella elimination. [online]. 2024; [cited 2025 Jan 27]; [1 screen]. Available from: URL: https://www.who.int/southeastasia/news/detail/10-10-2024-who-south-east-asiaregionsets-new-target-for-measles-andrubella-elimination.
กองโรคป้องกันด้วยวัคซีน กรมควบคุมโรค. แนวทางการเฝ้าระวังควบคุมโรค การตรวจรักษาและส่งตัวอย่างตรวจทางห้องปฏิบัติการเพื่อการกําจัดโรคหัด ตามโครงการกําจัดโรคหัด ตามพันธะสัญญานานาชาติ (ฉบับปรับปรุง สิงหาคม 2559). พิมพ์ครั้งที่ 3. [ออนไลน์]. 2559; [สืบค้น 28 ม.ค. 2568]; [56 หน้า]. เข้าถึงได้ที่: URL: http://www.ppho.go.th/webppho/dl_strat/F20181225153948.pdf.
Brown KE, Rota PA, Goodson JL, Williams D, Abernathy E, Takeda M, et al. Genetic characterization of measles and rubella viruses detected through global measles and rubella elimination surveillance, 2016-2018. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2019; 68(26): 587-91.
Williams D, Penedos A, Bankamp B, Anderson R, Hübschen J, Mamou MB, et al. Update: circulation of active genotypes of measles virus and recommendations for use of sequence analysis to monitor viral transmission. Wkly Epidemiol Rec 2022; 97(39): 485-92.
Bankamp B, Kim G, Hart D, Beck A, Mamou MB, Penedos A, et al. Global update on measles molecular epidemiology. Vaccine 2024; 12(7): 810. (13 pages).
กรมควบคุมโรค กระทรวงสาธารณสุข. สถานการณ์โรคหัด หัดเยอรมัน CRS ประจําปี 2568 ประเทศไทย. [ออนไลน์]. 2568; [สืบค้น 26 ม.ค. 2568]. เข้าถึได้ที่: URL: https://apps-doe.moph.go.th/measles.
กระทรวงสาธารณสุข. ระบบคลังข้อมูลด้านการแพทย์และสุขภาพ (HDC). [ออนไลน์]. 2568; [สืบค้น 29 ม.ค. 2568]; เข้าถึงได้ที่: URL: https://hdc.moph.go.th/center/public/main.
กองระบาดวิทยา กรมควบคุมโรค. สถานการณ์โรคหัด (Measles) ประเทศไทย ข้อมูล ณ วันที่ 31 ธันวาคม 2567. [ออนไลน์]. 2567; [สืบค้น 21 ม.ค. 2568]; [5 หน้า]. เข้าถึงได้ที่: URL: https://ddc.moph.go.th/uploads/ckeditor2/files/แจ้งเตือนโรคหัด%20ข้อมูล%20ณ%2031%20ธันวาคม%202567.2.pdf.
QIAGEN. QIAamp viral RNA mini handbook for purification of viral RNA from plasma, serum, cell-free body fluids, and culture supernatant. [online]. 2023; [cited 2025 Jan 28]; [52 screens]. Available from: URL: https://www.qiagen.com/us/resources/download.aspx?id=c80685c0-4103-49ea-aa728989420e3018&lang=en.
Mulders MN. Annex C1 Measles genotyping RT-PCR (CDC). [online]. 2020; [cited 2025 Jan 28]; [6 screens]. Available from: URL: https://cdn.who.int/media/docs/defaultsource/immunization/vpd_surveillance/lab_networks/measles_rubella/manual/updatedannexes-(as-on-2-aug-2021)/annex-c1measles-genotyping-rt-pcr-(cdc).docx.
Mulders MN. Annex C15 Using the RECall program for on-line sequence analysis of measles and rubella. [online]. 2024; [cited 2025 Jan 27]; [6 screens]. Available from: URL: https://www.technet-21.org/media/com_resources/trl/7641/multi_upload/UsingtheRECallprogram_V6.pdf.
MEGA-Help. Phylogenetic tree MEGA12. [online]. 2025; [cited 2025 Jan 29]; [21 screens]. Available from: URL: https://www.megasoftware.net/web_help.
MeaNS2. Measles virus nucleotide surveillance. [online]. 2025; [cited 2025 Jan 28]. Available from: URL: https://whogmrln.org/means2.
Wacharachaisurapol N, Jantarabenjakul W, Jitrungruengnij N, Anugulruengkitt S, Puthanakit T, Kowitdamrong E, et al. Re-emergence of mesles genotype D8 among Thai children, 2016-2017. [online]. 2025; [cited 2025 Mar 6]. Available from: URL: https://docs.google.com/viewersrcid=1V3bd8as_7EKyrmYZi_L2l1cUbrgGNaeW&pid=explorer&efh=false&a=v&chrome=false&embedded=true.
Chapter 7. Molecular epidemiology of measles and rubella. In: Mulders M. Manual for the laboratory-based surveillance of measles, rubella, and congenital rubella syndrome. 3rd ed. [online]. 2018; [cited 2025 Fed 22]. Available from: URL: https://www.technet21.org/en/manual-introduction.
Mat Daud MRH, Yaacob NA, Ibrahim MI, Wan Muhammad WAR. Five-year trend of measles and its associated factors in Pahang, Malaysia: a population-based study. Int J Environ Res Public Health 2022; 19(13): 8017. (10 pages).
Vaidya SR, Chowdhury DT. Measles Virus genotype circulating in India, 2011-2015. J Med Virol 2017; 89(5): 753-8.
Bankamp B, Liu C, Rivailler P, Bera J, Shrivastava S, Kirkness EF, et al. Wildtype measles viruses with non-standard genome lengths. PloS One 2014; 9(4): e95470. (8 pages).
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2025 BULLETIN OF THE DEPARTMENT OF MEDICAL SCIENCES
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
