การประเมินคุณภาพชุดน้ำยาตรวจสารพันธุกรรมของเชื้อ SARS-CoV-2 ด้วยวิธี real-time RT-PCR เพื่อขึ้นทะเบียนจำหน่ายในกรณีเร่งด่วน
คำสำคัญ:
เชื้อไวรัสโคโรนา 2019, real-time PCR, การประเมินคุณภาพชุดตรวจบทคัดย่อ
การประเมินคุณภาพเพื่อขึ้นทะเบียนจำหน่ายในกรณีเร่งด่วนของชุดน้ำยาตรวจหาสารพันธุกรรมของเชื้อ SARS-CoV-2 ด้วยวิธี real-time RT-PCR นี้ เป็นภารกิจของกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ในการตรวจสอบมาตรฐานเครื่องมือแพทย์ เพื่อให้เกิดประโยชน์ต่อห้องปฏิบัติการในการพิจารณาเลือกใช้ชุดน้ำยาที่มีประสิทธิภาพ ซึ่งจะลดความผิดพลาดต่อการตรวจวินิจฉัยผู้ติดเชื้อ การประเมิน ประกอบด้วยการประเมินเอกสารกำกับชุดน้ำยาและการประเมินทางห้องปฏิบัติการทดสอบด้วยตัวอย่างทั้งหมด 10 ตัวอย่าง แบ่งเป็นตัวอย่างบวก 5 ตัวอย่าง เพื่อประเมินความไวเชิงวิเคราะห์ และตัวอย่างลบ 5 ตัวอย่าง เพื่อประเมินความจำเพาะ ทดสอบตัวอย่างละ 3 ซ้ำ รวมทั้งหมด 30 ปฏิกิริยา โดยใช้ RNA ที่สกัดจากเชื้อ SARS-CoV-2 เป็นตัวอย่างในการประเมินเพื่อให้มียีนเป้าหมายที่มีความจำเพาะต่อทุกน้ำยาทดสอบ ได้แก่ ยีน N, ORF1a/ab, E, RdRp และ S การศึกษานี้ได้ประเมินชุดน้ำยาทั้งสิ้น 41 ชุดน้ำยา มีชุดน้ำยาที่ผ่านการประเมิน 36 ชุดน้ำยา (88%) ไม่ผ่านเกณฑ์ความไวเชิงวิเคราะห์ที่กำหนดร้อยละ 80 จำนวน 3 ชุดน้ำยา (7%) และไม่ผ่านเกณฑ์ความจำเพาะที่กำหนดร้อยละ 99.8 จำนวน 2 ชุดน้ำยา (5%) และไม่พบว่าการกระจายของค่า cycle threshold (Ct) ของทุกชุดน้ำยามีความแตกต่างกันในทุกยีนเป้าหมาย ดังนั้นผู้ปฏิบัติงานต้องศึกษาข้อมูลก่อนเลือกใช้ชุดน้ำยาเพื่อให้การรายงานผลเป็นไปอย่างถูกต้อง
References
World Health Organization. WHO coronavirus disease (COVID-19) dashboard. [online]. 2020; [cited 2020 Jul 14]; [7 screens]. Available from: URL: https://covid19.who.int.
Zhu N, Zhang D, Wang W, Li X, Yang B, Song J, et al. A novel coronavirus from patients with pneumonia in China, 2019. N Engl J Med 2020; 382(8): 727-33.
World Health Organization. Laboratory testing for 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) in suspected human cases: interim guidance, 17 January 2020. [online]. 2020; [cited 2020 Jul 14]; [7 screens]. Available from: URL: https://www.who.int/publications/i/item/laboratory-testingof-2019-novel-coronavirus-(-2019-ncov)-in-suspected-human-cases-interim-guidance-17-january-2020.
World Health Organization. Molecular assays to diagnose COVID-19: summary table of available protocols. [online]. 2020; [cited 2020 Jul 14]; [80 screens]. Available from: URL: https://www.who.int/publications/m/item/molecular-assays-to-diagnose-covid-19-summary-tableof-available-protocols.
Corman VM, Landt O, Kaiser M, Molenkamp R, Meijer A, Chu DK, et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill 2020; 25(3): 2000045. (8 pages).
Konrad R, Eberle U, Dangel A, Treis B, Berger A, Bengs K, et al. Rapid establishment of laboratory diagnostics for the novel coronavirus SARS-CoV-2 in Bavaria, Germany, February 2020. Euro Surveill 2020; 25(9): 2000173. (5 pages).
Chan JF, Yip CC, To KK, Tang TH, Wong SC, Leung KH, et al. Improved molecular diagnosis of COVID-19 by the novel, highly sensitive and specific COVID-19-RdRp/Hel real-time reverse transcription-polymerase chain reaction assay validated in vitro and with clinical specimens. J Clin Microbiol. 2020; 58(5): e00310-20. (10 pages).
ประกาศสำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา เรื่อง การยื่นคำขอประเมิน การประเมิน และการออกใบรับรองการประเมินชุดตรวจและน้ำยาที่เกี่ยวข้องกับการวินิจฉัยการติดเชื้อ SARS-CoV-2 (เชื้อก่อโรค COVID-19) พ.ศ. 2563. ราชกิจจานุเบกษา เล่ม 107 ตอนพิเศษ 107 ง (วันที่ 5 พฤษภาคม 2563). หน้า 26-27.
Okada P, Buathong R, Phuygun S, Thanadachakul T, Parnmen S, Wongboot W, et al. Early transmission patterns of coronavirus disease 2019 (COVID-19) in travellers from Wuhan to Thailand, January 2020. Euro Surveill 2020; 25(8):2000097. (5 pages).
Pastorino B, Touret F, Gilles M, de Lamballerie X, Charrel RN. Heat inactivation of different types of SARS-CoV-2 samples: What protocols for biosafety, molecular detection and serological diagnostics? Viruses 2020; 12(7): E735. (8 pages).
U.S. Food and Drug Administration. Policy for coronavirus disease-2019 tests during the public health emergency (revised): immediately in effect guidance for clinical laboratories, commercial manufacturers, and Food and Drug Administration staff. [online]. 2020; [cited 2020 Jul 14]; [20 screens]. Available from: URL: https://www.fda.gov/regulatory-information/search-fdaguidance-documents/policy-coronavirus-disease-2019-tests-during-public-healthemergency-revised.
Bundesamt für Verbraucherschutz und Lebensmittelsicherheit (BVL). Guidelines for the validation of qualitative real-time PCR methods by means of a collaborative study. [online]. 2016; [cited 2020 Jul 14]; [17 screens]. Available from: URL: https://www.bvl.bund.de/SharedDocs/Downloads/07_Untersuchungen/Guidelines%20for%20the%20validation%20of%20qualitative.pdf?__blob=publicationFile&v=3.
Kim MN, Ko YJ, Seong MW, Kim JS, Shin BM, Sung H. Analytical and clinical validation of six commercial Middle East Respiratory Syndrome coronavirus RNA detection kits based on real-time reverse-transcription PCR. Ann Lab Med 2016; 36(5): 450-6.
Pan Y, Zhang D, Yang P, Poon LLM, Wang Q. Viral load of SARS-CoV-2 in clinical samples. Lancet Infect Dis 2020; 20(4): 411-2.
Rutledge RG, Stewart D. Critical evaluation of methods used to determine amplification efficiency refutes the exponential character of real-time PCR. BMC Mol Biol 2008; 9: 96. (12 pages).
Life Technologies Corporation. Real-time PCR handbook. [online]. 2012; [cited 2020 Jul 14]; [70 screens]. Available from: URL: https://www.gene-quantification.de/real-time-pcrhandbook-life-technologies-update-flr.pdf.
